Κατόπιν εντολής του Υπουργείου Ανάπτυξης Ανταγωνιστικότητας Υποδομών Μεταφορών και Δικτύων θα διενεργηθεί όπως αναφερόταν και στην επίσημη ΚΥΑ και τον οδηγό του προγράμματος διοικητικός έλεγχος.
- Ο έλεγχος θα γίνει για τη λειτουργία της επιχείρησης για 3 έτη από την ολοκλήρωση της επένδυσης, με αποστολή μετά από ενημέρωση από την τράπεζα, στην οποία κατέθεσε ο επενδυτής, εντύπων (Ε3,Ε1, δελτίων αποστολής και τιμολογίων ) στον αρμόδιο φορέα.
- Επίσης θα γίνει έλεγχος για τη διατήρηση των υφιστάμενων και νέων θέσεων απασχόλησης, όπως αυτές αποτυπώθηκαν στη βεβαίωση ολοκλήρωσης, την οποία έχει λάβει ο επενδυτής. Ο έλεγχος θα πραγματοποιηθεί σε διάστημα 2 ετών από την παραπάνω βεβαίωση και θα γίνει ΣΕ ΟΛΕΣ ΤΙΣ ΕΠΙΧΕΙΡΗΣΕΙΣ. Για τα παραπάνω ο επενδυτής θα πρέπει να αποστείλει Ε7, πινακες προσωπικού, ΑΠΔ για τα 2 επόμενα χρόνια από τη βεβαίωση ολοκλήρωσης. Ο έλεγχος θα πραγματοποιηθεί με τη λήξη της υποχρέωσης διατήρησης, δηλαδή θα γίνει ένας έλεγχος αμέσως μετά τη λήξη της υποχρέωσης.
Ο επενδυτής θα πρέπει μέσα στο διάστημα των 2 χρόνων να διατηρήσει τις υφιστάμενες, αλλά και τις νέες θέσεις εργασίας. Δηλαδή π.χ επενδυτής που έχει ως υποχρέωση 1 υφιστάμενη και 1 νέα θέση εργασίας και έχει πάρει βεβαίωση ολοκλήρωσης στις 15/05/2011 θα πρέπει να διατηρήσει τις 2 ΕΜΕ έως τις 15/05/2013. Σε περίπτωση που το π.χ 2012 δεν καλύπτει την υποχρέωση, μπορεί να κάνει τις απαραίτητες προσλήψεις το 2013, έτσι ώστε μέχρι τις 15/05/2013 να καλύψει τις υποχρεώσεις του, διότι το σύνολο των ΕΜΕ θα μετρήσει αθροιστικά και για τα δυο έτη.
Σε περίπτωση που δεν διατηρηθεί η υποχρέωση, η τράπεζα θα ενημερώσει το υπουργείο και θα επιβληθεί ποινή, η οποία θα είναι βάσει τύπου και επί ποσοστό της επιδότησης. Επίσης σε περίπτωση που η υποχρέωση πέσει κάτω από τις μισές ΕΜΕ θα ζητηθεί πίσω όλη η επιδότηση με τόκους υπερημερίας. Τα παραπάνω θα βεβαιωθούν και θα γίνουν απαιτητά από το υπουργείο Οικονομικών και την Ε.Ε.